Ajalooarhiiv, mis loodi 1921. aastal Eesti Riigi Keskarhiivina Tartus, tegutseb täna rahvusarhiivi struktuuriüksusena. 1990ndatel aastatel hakkas ajalooarhiivi jõudma ka väliseesti arhiive, peamiselt Rootsist, eelkõige tänu inimeste isiklikele kontaktidele. Ajalooarhiivi kogud on väliseesti arhiivide osas täienenud eeskätt isikuarhiividega, üle on antud nt Vello Helki, Oleg Roslavlevi, Theodor Künnapase, Mihkel Toomse, Armin Tuulse jt kogud.
Samuti on ajalooarhiivi jõudnud erinevate organisatsioonide, nt Rootsi eesti skautide ja üliõpilasseltside väliskoonduste dokumente, nt Eesti Naisüliõpilaste Selts paguluses jt. Olulist täiendust traditsiooniliselt ajalooarhiivis säilitatavatele kirikuarhiividele pakub Eesti apostliku-õigeusu kiriku eksiilis arhiivifond. Kõikide fondidega on võimalik lähemalt tutvuda AISi kaudu.